Studoval na gymnáziích v Holešově a Brně (maturita 1933). Na brněnské konzervatoři absolvoval hru na varhany ve třídě Eduarda Treglera (mimořádné studium, absolvoval 1932) a kompozici ve třídě Viléma Petrželky (1938). V letech 1934–35 navštěvoval přednášky Vladimíra Helferta na hudební vědě. Mimořádné varhanní studium doplnil studiem řádným. Ve studiu skladby pokračoval v mistrovské třídě Vítězslava Nováka na konzervatoři v Praze (1938–40). Hru na varhany studoval soukromě u Bedřicha Antonína Wiedermanna, dále v Lipsku u Günthera Ramina a Karla Straubeho. V roce 1945 dokončil studium práv v Brně. Stal se vedlejším učitelem na konzervatořích v Brně (od února 1945) a Praze (1945–46), kde byl jmenován profesorem (1946). V roce 1951 byl převeden na AMU, kde byl jmenován docentem (1954). Mezi jeho žáky patřili Lubina Holanec, Jan Hora, Zdeněk Mašek, Václav Rabas a další. Od roku 1932 se věnoval koncertní činnosti. Zaměřil se na starou hudbu (zejména Johann Sebastian Bach) a soudobé české skladatele (Alois Hába, Jan Hanuš, Miloslav Kabeláč a další). Koncertoval ve většině evropských zemí, také v Japonsku, Kanadě ad. V zahraničí často propagoval starou českou varhanní tvorbu. Zasedal v porotách mezinárodních soutěží v Praze (1958), Gentu (1959), Haarlemu (1962), Ženevě (1962) a jinde. Zasadil se o vznik varhanní soutěže při festivalu Pražské jaro. Jako varhanář se podílel na návrzích nových a historických rekonstruovaných nástrojů (například kostel sv. Martina ve zdi v Praze, varhany Korandova sboru Českobratrské církve evangelické v Plzni). V roce 1964 se stal zasloužilým umělcem. Jako odborný poradce spolupracoval s varhanářskou firmou Rieger-Kloss a dohlížel na stavbu varhan v Moskvě (Čajkovského síň), Leningradu, Tallinnu, Bukurešti, Budapešti, Káhiře a jinde. Spolupracoval na filmu Československé varhany (1961) a na obrazové publikaci Varhany v Československu. Je autorem návrhu dispozice varhan ve Dvořákově síni pražského Rudolfina.

Syn ředitele kůru Josefa Michálka, rostl v hudebním prostředí. Učil se na klavír od osmi let, ve dvanácti hrál na varhany. Studoval varhany na pražské konservatoři u Josefa Kličky (1910–13, učitelé též Karel Stecker a Ondřej Horník) a mistrovský kurz skladby u Vítězslava Nováka (1913–15). Absolvoval Fantasií pro varhany a Serenádou pro smyčcový orchestr. Po vojenské službě v první světové válce a v československé armádě (1915–19) ředitel kůru v Pardubicích (1919–35), zároveň varhaník městského krematoria (1923–35), kde se umělecky rozvíjel jako sbormistr pěveckého sdružení Suk a Pardubické filharmonie (1920–24) a spravoval Východočeskou hudební školu (1919–21). Prohloubil své vzdělání v mistrovské škole Josefa Kličky (1920–21, absolvoval Regerovou Fantasií na jméno Bach) a ve veřejné soutěži absolventů mistrovské školy dosáhl I. ceny ve varhanním oboru. Po studiu klavírní hry u Adolfa Mikeše (1920–22) věnoval se povznesení uměleckého života východních Čech. Jako varhaník se nejvíce uplatnil v Brně, kde profesorem konservatoře (od 1935). Vycházel z romantického pojetí nástroje, ale vracel se nakonec k J. S. Bachovi. Absolvoval přes 60 varhanních koncertů v rozhlase (nedělní půlhodinky) a četné samostatné koncerty v ČSR. V repertoáru uváděl vedle barokních mistrů zvláště skladby Regerovy, Lisztovy a Franckovy. Mimořádnou pozornost věnoval staré tvorbě české a ve veliké míře soudobé. Jeho repertoár zde sahal od Černohorského, Segra, Zacha přes Kuchaře a Brixiho k Hniličkovi, Musilovi a novinkám (Blatný, Chlubna, Vrána). Základem jeho umění byla vyspělá muzikálnost spojená s dokonalou technikou, slohovým proniknutím, rejstříkováním a strhujícím podáním. Za okupace inspektor soukromých hudebních škol v zemi moravskoslezské (od 1943) a člen (1940) a ředitel (1944) zkušební komise. Po osvobození se vzdal těchto funkcí (1947), byl pověřeným profesorem JAMU (od 1946), kde po únoru 1948 jmenován docentem. Na konservatoři vychoval 20 absolventů, na JAMU tři, pečuje o své žáky nejen umělecky, nýbrž i lidsky. Michálek se dobře vyznal i ve varhanářství. Navrhoval varhanní dispozice a řešil novodobé varhanické problémy z technického i uměleckého hlediska. Jako varhanní expert účastnil se technické spolupráce s generálním ředitelstvím výroby varhan (Krnov, Kutná Hora), pod jeho vedením postaveny v Brně na Stadiónu nové moderní varhany s elektropneumatickou trakturou a 53 rejstříky.

Zakotvil v Brně, kde rozvinul úspěšnou uměleckou i pedagogickou činnost. Varhaník na Petrově (od 1911) a učitel varhanické školy (1911–16). Se smíšeným sborem varhanické školy konal zájezdy po moravském venkově (1913–15) a řídil duchovní koncerty, při nichž účinkoval na varhany Leoš Janáček. Po převratu profesorem brněnské konservatoře a člen státní zkušební komise. Založil Moravské komorní sdružení (1919–21, klavírní kvarteto), s nímž koncertoval též v Praze (1919) a později organizoval i madrigalové sdružení (1934–35). K největším jeho úspěchům patřilo první provedení Postludia v Janáčkově Glagolské mši. Ve své hře spojoval vynikající hudebnost s přesnou technikou na manuálech i pedálu a se slohovým erjstříkováním. Významný byl jeho samostatný koncert 1. 10. 1934 v Brně a jeho varhanní půlhodinky v roz­hla­se, kde uváděl též soudobé brněnské autory.

Základy hudebního vzdělání získal u Františka Kašpara v rodném městě. Poté studoval na brněnské konzervatoři obor varhany u Vladimíra Hawlíka (1946–51), jeho dalšími významnými učiteli zde byli Josef Blatný a Josef Černocký. Ve studiích pokračoval na Janáčkově akademii múzických umění – obory hra na varhany (1951–56) a dirigování sboru (1967–71). Učil se zde u Josefa Veselky a Františka Jílka. Po čas studia učil na základních hudebních školách v Prostějově (1952–55), Blansku (1956–60) a v Brně-Králově Poli (1955–59). Od roku 1950 veřejně koncertoval. Věnoval se především soudobé české varhanní tvorbě (Blatný, Eben, Hlobil a další), kterou propagoval i v evropských zemích. V České republice poprvé uvedl několik varhanních koncertů s orchestrem (Mozart, Eben, Casella, Medyn). V šedesátých letech umělecky spolupracoval s činohrou Mahenova divadla v Brně. Natočil řadu nahrávek pro rozhlas a vyšlo mu několik desek u gramofonových společností Panton a Supraphon (například Varhanní skladby Leoše Janáčka, Panton, 1978).
Kromě sólové varhanní hry se věnoval sbormistrovské činnosti – v roce 1965 založil na Univerzitě Jana Evangelisty Purkyně v Brně Komorní sbor, který umělecky vedl celkem 34 let a získával s ním úspěchy na koncertech, soutěžích a festivalech doma i v zahraničí. Více než čtyřicet let působil na Pedagogické fakultě této univerzity (1961–2002), kde se stal v roce 1986 vedoucím Katedry hudební výchovy. Poté zůstal jako externista na stejném pracovišti. Za dobu svého působení zde byl za svoji práci několikrát oceněn. Získal tituly „Vzorný pedagogický pracovník Univerzity Jana Evangelisty Purkyně“ (1965), „Zasloužilý pracovník Univerzity Jana Evangelisty Purkyně“ (1986), dále získal Stříbrnou medaili Univerzity Jana Evangelisty Purkyně (1969) a poté i Zlatou medaili Masarykovy univerzity (1996). V roce 1988 dosáhl profesury ve svém oboru, a ve stejném roce byl oceněn rektorem Univerzity Jana Evangelisty Purkyně za propagaci této univerzity v zahraničí. V roce 2000 získal cenu Ferdinanda Vacha za celoživotní dílo a dosažené výsledky v oblasti sbormistrovské činnosti.
Mezi jeho další pedagogické aktivity patří vedení letních hudebních kurzů a seminářů pro učitele hudební výchovy pod Českou hudební společností a Společností pro hudební výchovu (1991–99), práce metodického poradce a konzultanta školních sborů a také vzdělávání mladých sborových dirigentů. Na sborových soutěžích býval členem porot. Stejně tak se uplatnil coby člen několika komisí zabývajících se hudebním vzděláváním v České republice – byl například předsedou předmětové rady pro hudební výchovu při komisi expertů Ministerstva školství, mládeže a tě­lo­vý­cho­vy (1983–89) či členem akreditační komise pro umělecké vysoké školy (1991–94). Věnoval se také přednáškové činnosti (například pro Muzejní společnost města Brna) a aktivně se účastnil národních i mezinárodních konferencí v oblasti hudební výchovy. Je autorem mnoha pedagogických článků, vysokoškolských skript a vědecko-výzkumných textů ze sféry hudebně pedagogické a sbor­mistrov­ské, ale i příspěvků k teorii a interpretaci varhanní hudby.

Studoval u Josefa Černockého na Státní hudební a dramatické konzervatoři v Brně (1945–48) a u Františka Michálka na JAMU v Brně (1948–53). Od roku 1949 pracoval jako hudební pedagog na hudebních školách, včetně brněnské konzervatoře a JAMU. Vyvíjel obsáhlou koncertní činnost jako varhaník a cembalista. Spolupracoval s firmou Supraphon při vydávání pramenné edice Musica antiqua bohemica a v této činnosti pokračoval i v Editio Bärenreiter Praha. Přeložil do češtiny nejvýznamnější pozdně barokní a raně klasicistní nástrojové školy.

Po smrti Františka Neumanna byl přijat do Národního divadla v Brně jako dirigent (16. srpna 1929). Spolupracoval s Břetislavem Bakalou a Zdeňkem Chalabalou. Pedagogicky působil na brněnské konzervatoři (od 1. listopadu 1929). V roce 1946 byl jmenován profesorem. Během druhé světové války působil jako korepetitor sólistů brněnské opery a realizoval s nimi koncerty v českých městech. V roce 1945 byl Revolučním národním výborem jmenován správcem a uměleckým šéfem brněnské opery (do 1949). V roce 1951 byl jmenován docentem na JAMU, kde vykonával funkci proděkana hudební fakulty. Pracoval v redakci Hudebních rozhledů a stal se předsedou odbočky Svazu československých skladatelů. Působil jako referent v Lidových novinách (1942–45, 1948–49) a psal články do Divadelních listů (1929–55). Kompozici se věnoval zejména po druhé světové válce. Největšího úspěchu dosáhl v písních a sborech.