Vznik Československa, nové uspořádání politických a kulturních poměrů s vytvářením nových, dalších center, s tím související poválečné založení Masarykovy univerzity v Brně (1919), působení spřáteleného Otakara Zicha na tomto učilišti, rýsující se nové možnosti profesionálního uplatnění v novém prostředí daly popud k Helfertovu přechodu na Moravu. Byl jmenován (od 1. 9. 1919) profesorem gymnázia ve Vyškově, službu však vykonával na 1. reálce v Brně. Již v září 1920 si podal žádost o habilitační řízení v oboru hudební věda, které se na základě Zichova doporučení uskutečnilo 26. 2. 1921; stal se docentem v semináři hudební vědy, do svého jmenování mimořádným profesorem nadále však působil i na reálce.
V Brně se Helfert musel vyrovnávat především s osobností a dílem Leoše Janáčka, který se od pražského a vídeňského uvedení opery Její pastorkyňa (1916, 1917) stal osobností nejenom brněnského, ale celonárodního a evropského významu a tvořil svá vrcholná díla. Přechod od nejedlovského skeptického postoje vůči Janáčkovi k respektu a pochopení proběhl u Helferta postupně a logicky a to jak vědeckými činy, tak počiny organizačně administrativními (v tomto ohledu se výrazně zasadil o udělení doktorátu honoris causa Masarykovou univerzitou Janáčkovi roku 1925, o Janáčkův odkaz Masarykově univerzitě atp.). Helfert napsal celou řadu drobnějších janáčkovských referátů a statí a posléze přikročil k uskutečnění plánu napsat zásadní rozsáhlou janáčkovskou monografii; stačil z ní připravit a 1939 vydat jenom první svazek (Leoš Janáček: Obraz životního a uměleckého boje, I. V poutech tradice). Postupem doby získal Helfert vztah i k dalším brněnským hudebním tvůrcům, zejména skladatelům Václavu Kaprálovi, Osvaldu Chlubnovi, dirigentovi Břetislavu Bakalovi a jiným.
Ačkoli Helfert vyšel z prostředí aristokratického a vysoce kultivovaného, projevoval vždy sociální cítění a spolu s většinou intelektuálů meziválečného období se pohyboval spíše v levicové části politického spektra (to bylo mimo jiné patrné z jeho spolupráce se Společností pro kulturní a hospodářské sblížení s novým Ruskem, s olomouckým časopisem Index, s Levou frontou, s osobnostmi jakými byli Bedřich Václavek, J. L. Fischer a další). Výrazně se vyslovoval pro demokracii, oponoval stupňujícím se fašistickým tlakům (angažoval se v boji o demokratické Španělsko, odsuzoval hitlerovský nacismus), s nadějemi, ač kriticky a jako nekomunista hleděl na možnost budovat socialistickou společnost v tehdejším SSSR. Zdůrazňoval sociální a politický dosah umění a tedy i hudby, zásadně se však postavil proti reglementování umění v obou zmíněných režimech (kritiku „moderního“ umění a vnucování tzv. socialistického realismu v SSSR pokládal za tragický omyl; právě tak bojoval proti zjednodušenému chápání tzv. ideovosti v hudbě). Helfert též vstoupil do zápasů o udržení Filozofické fakulty Masarykovy univerzity, jejímž děkanem byl 1935/36, a vzepřel se zde zvenčí vnucovaným cenzurním zásahům. Politicko-ideologické postoje mu způsobily problémy v době nacistické okupace a přispěly pak k tomu, že v době po roce 1948 byl kritizován a jeho osobnost i dílo se ocitly ve stínu oficiální pozornosti.
Hned na počátku nacistické okupace začal být Helfert persekvován. Na zákrok gestapa byl na jaře 1939 spolu s několika dalšími pedagogy filozofické fakulty poslán na nucenou dovolenou, a i když se zdržoval mimo Brno, byl 14. 11. 1939 předvolán k výslechu, zatčen a vězněn (na Špilberku, v Kounicových kolejích, v Breslau-dnes Wroclawi, v koncentračním táboře ve Wohlau). Ve Wohlau vedl Helfert tajnou motákovou korespondenci se spoluvězněm, dělníkem Jurou Sosnarem, kterou Sosnar po válce vydal pod názvem Hovory tužkou; Helfert v ní povzbuzoval své spoluvězně, vyznával se ze své lásky k umění a zvláště k hudbě a z respektu k etickým zásadám; působil zde jako katalyzátor pozitivního myšlení. Z tábora byl pro kritický zdravotní stav (žaludeční vředy, srdeční komplikace) propuštěn do nemocničního ošetřování a odtud dokonce do domácí péče; z iniciativy manželky se dostal do nemocnice v Praze-Vinohradech, kde byl operován a kde se jeho zdravotní stav celkově zlepšil. Poté se zdržoval na českém venkově (střídavě ve Stupčicích u Tábora a v Miřeticích u Vlašimi). V době, kdy alespoň částečně mohl pracovat, se věnoval přípravě edice Jistebnického kancionálu a Thesauru české duchovní písně (ve spolupráci s hymnologem Antonínem Škarkou). Dne 23. 6. 1944 při pobytu v Praze byl však znovu zatčen a vězněn v pankrácké věznici a od 24. 4. 1945 v Terezíně, kde se dožil osvobození. Záhy (14. 5.) však bylo zjištěno onemocnění skvrnitým tyfem, jemuž po převozu do Prahy v nemocnici Na Bulovce podlehl. Urna s jeho popelem byla a je uložena v místě jeho posledního brněnského bydliště.
Maturoval na německém gymnasiu v Brně (1909), studoval na pražské universitě (češtinu, němčinu do 1913, aprobace 1920). Klavírní hře se učil v Brně u Klot. Schäfrové a zdokonalil se v interpretačním kursu u Alfr. Cortota na École normale v Paříži (1925). Sólovému zpěvu se učil u Minařík-Demartiniové v Brně, u Egona Fuchse a Hanuše Laška v Praze, kde poslouchal hudební vědu u Zdeňka Nejedlého. Státní zkoušky ze hry na klavír i sólového zpěvu konal ve Vídni (1910). První samostatný klavírní koncert uskutečnil v Praze 19. 12. 1912. Od té doby se soustředil na provádění soudobých, zvláště českých skladeb; uvedl do Prahy díla Huga Mrázka, Jaroslava Kvapila, Viléma Petrželky, Jana Kunce aj. Tehdy přispíval jako pravidelný spolupracovník do Hudební Revue, kde uveřejnil první větší studii: Richarda Wagnera Tristan a Isolda. Hudební revue, roč. 6 (1912/13). Další rozvoj znemožnila první světová válka a účast Kundery v zahraničním odboji v Rusku (1916), kde byl osvětově i umělecky činný. Náčelník osvětového sboru československých legií mj. založil a umělecky řídil Symfonický orchestr čs. legií, jehož prvním dirigentem byl Rudolf Karel. Koncerty v Omsku, Jekaterinburku (Sverdlovsk), Irkutsku. Šířil zde českou hudbu a vydal brožuru O muzike čechoslovackogo naroda (Jekaterinburk 1919).
Po převratu zakotvil v Brně (od června 1920), zprvu jako tajemník (1. 1. 1921), pak profesor konservatoře (klavír, estetika – 1. 11. 1922). Hudebně vědecké studium ukončil disertací O estetice umělecké a zvláště hudební reprodukce (PhDr. 1925 v Brně u Vladimíra Helferta) a stal se Helfertovým spolupracovníkem v Hudebních rozhledech (od druhého ročníku 1925 do 1928), kde bojoval mj. za Janáčkovo dílo. Četné klavírní koncerty a vystoupení v Brně (zvláště v Klubu moravských skladatelů), v Praze (ve Spolku pro moderní hudbu) a v jiných městech, kde uvedl mnoho novinek. Šířil soustavně ruskou a zvláště sovětskou hudbu (od 1924, večery sovětské hudby na universitě 1934). Samostatný cyklus české a slovenské klavírní tvorby (sedm večerů 1934–35). S Václavem Kaprálem přednesli na mnoha místech koncerty pro dva klavíry (od 1922). Koncerty v zahraničí (Vídeň 1922, Paříž 1925, Kolín nad Rýnem 1929, Moskva a Kyjev 1937). Často činný jako komorní hráč (s Moravským, Pražským i Janáčkovým kvartetem, s Karlem Hoffmannem) a doprovázeč (zvláště Máši Fleischerové). Vynikl též soustavným pěstováním melodramatické hudby s Rudolfem a Marií Waltrovými. Vedle toho sbormistrem královopolského Lumíra (1922–27), s nímž provedl zvláště hodnotný koncert na paměť Ludwiga van Beethovena (Brno 27. 11. 1926). Značná činnost přednášková, především kursy o realistické reprodukci. Na konservatoři blízký spolupracovník Jana Kunce (do 1932), člen zkušební komise pro učitele hudby na soukromých školách, inspektor soukromých hudebních škol v zemi Moravskoslezské (1933–41), předseda zkušební komise pro učitele na středních školách a učitelských ústavech (od 1935). Předseda umělecké sekce Společnosti pro kulturní a hospodářské styky se SSSR. Podnikl studijní a propagační zájezd do SSSR (březen–duben 1937). Za okupace předčasně pensionován (30. 6. 1941), neohrožeností lékařů zachráněn od totálního nasazení, pracoval na pedagogických spisech (Klavírní prstoklad). Po osvobození (1945) reaktivován (1. 6. 1945). Správce konservatoře (1. 9. 1945–46), pověřený profesor a vedoucí Ústavu pro hudební výchovu na pedagogické fakultě Karlovy university v Praze (1946–48), zároveň pověřený profesor klavírní hry na AMU s působností v Brně a zástupce děkana AMU pro Brno (1946/47). Po založení JAMU (1947) profesor klavírní hry, děkan hudební fakulty (1. 3. 1948 – září 1950) a rektor (1. 10. 1949 do r. 1962), kde od základů vybudoval školu k vysoké úrovni.
Všestranná osobnost Kunderova projevila se podnětným způsobem v klavírní hře realistickou reprodukcí staré české a zvláště moderní soudobé tvorby Janáčkovy, Novákovy, jejich žáků (Kaprál, Kvapil, Petrželka, Chlubna i nejmladší, často poprvé vůbec). Nahrál na gramofonové desky Smetanovy polky Fis a f, Janáčkovo Capriccio, Concertino, průvod k Ukvalské lidové poesii v písních, klavírní part Janáčkových Říkadel a Alexandrovových Písních o Alexandrii. Vědecky se uplatnil v pracích o klavírních skladbách (Smetana, Janáček, Kaprál, Kaprálová) a jako teoretický pedagog několika spisy, jimiž obohatil naši klavírní didaktiku. Z jeho žáků vynikli K. Jandera, Milan Máša, M. Valter, M. Klíčník, Radoslav Kvapil aj. Organisačně zasáhl do života hudební Moravy a Brna jako jednatel Klubu moravských skladatelů (1924–26) a zvláště po osvobození (1945) jako první předseda odbočky SČS v Brně (1949–53), a předseda Sekce koncertních umělců (od 1955), člen Zemské kulturní a Městské osvětové rady aj. Dvakrát na studijní cestě v Polsku (1948 a 1949), v NDR (květen 1956) a znovu v SSSR (únor 1957) jako vedoucí hudebně pedagogické delegace z ČSSR. Člen kulturní a umělecké rady ministerstva školství a kultury. Cena osvobození města Brna (1951 a 1957).
Pseudonym K. Jánoš.
Základy hudebního vzdělání získal v dětství na obecné škole v Doubravici. Roku 1894 byl přijat do fundace starobrněnského augustiniánského kláštera a současně v Brně navštěvoval měšťanskou školu na Poříčí (1894–98). Posléze pokračoval ve studiích na brněnském Ústavu pro vzdělání učitelů (1898–1902), kde byl v hudbě žákem Leoše Janáčka. V klášteře měl na Kunce vliv především tehdejší ředitel kůru Max Koblížek, u nějž se na hudební škole Řemeslnické besedy Svatopluk učil hře na klavír, harmonii a kontrapunktu. Později se v klavírní hře zdokonaloval u Marie Kuhlové. Tehdy vznikla i jedna z prvních Kuncových skladeb, balada Zakletá dcera s průvodem čtyřručního klavíru (1900), komponovaná pod dojmem stejnojmenné balady Vítězslava Nováka. Na Janáčkovo doporučení se Kunc nechal roku 1901 zapsat na Varhanickou školu v Brně (díky své hudební vyspělosti přijat do 2. ročníku), kterou absolvoval 6. 7. 1903. Ještě před absolutoriem vykonal 25. 6. 1903 v Praze státní zkoušku z klavíru a zpěvu. Od roku 1903 působil jako prozatímní podučitel, od 12. 11. 1904 jako řádný učitel na obecné škole v Brně.
Ve snaze zdokonalit se ve skladbě vstoupil Kunc do kompozičního oddělení pražské konzervatoře, kde byl ve školním roce 1905/06 žákem Karla Knittla a Karla Steckera. V letech 1906–10 studoval soukromě u Vítězslava Nováka, pod jehož vedením složil Smyčcový kvartet G dur. Po návratu do Brna byl znovu učitelsky činný na obecných školách v Brně (do roku 1920), mimo to působil jako učitel zpěvu na České státní průmyslové škole v Brně (1907–12), na brněnské II. české reálce (1907–10) a na I. českém gymnáziu (1913/14, 1916/17). Vyučoval hru partitur a instrumentaci na Varhanické škole v Brně (1910–13) a harmonii, dějiny hudby a estetiku na Hudební škole Besedy brněnské (1908–11, 1915–17). Od roku 1905 byl jednatelem hudebního odboru Klubu přátel umění v Brně, pro neshody s Leošem Janáčkem však z funkce odstoupil. Po sňatku s koncertní pěvkyní Marií Hudcovou roku 1907 vystupoval též nezřídka jako její klavírní doprovazeč. Významná byla rovněž Kuncova hudebně kritická činnost v Lidových novinách (od dubna 1902, soustavně publikoval v letech 1909–18 pod značkou –c.), dále v Pelclových Rozhledech (1902–06 pod pseud. K. Jánoš), v Radikálních listech (1902–03), Moravské orlici (1903–06, šifry –a–, N), v Hlasu (1903–04), Moravských rozhledech (1905–07), v Hudební revue (1911–17) aj. Své kritické příspěvky psal nejprve pod názorovým vlivem Leoše Janáčka, během školení u Vítězslava Nováka se z Janáčkova vlivu vymanil a dospěl až k zásadní kritice Janáčkovy Její pastorkyně (1911).
Po vzniku Československé republiky byl Kunc roku 1918 zásluhou Karla Kovařovice přijat do pražského Národního divadla jako korepetitor a kapelník. S orchestrem Národního divadla mj. nastudoval a provedl svoji baladu Stála Kačenka u Dunaja. Již roku 1919 se však vrátil zpět do Brna, kde byl od 1. 9. 1919 jmenován na nově zřízené konzervatoři profesorem pro skladbu, harmonii, kontrapunkt, nauku o formách a instrumentaci. Zároveň byl ustanoven tajemníkem a členem poradního sboru brněnské konzervatoře (1919–20), správcem konzervatoře (1920–23) a ředitelem konzervatoře (1923–45). Z Kuncových žáků na konzervatoři vynikli: Quido Arnoldi, Zdeněk Chalabala, Vilém Steinman, Pavel Haas, Josef Kohout; soukromě se u něj vzdělávali Vilém Petrželka, Emil Axman (instrumentace) a Rudolf Firkušný (harmonie). Neúnavnou organizační a pedagogickou činností se Kuncovi podařilo vybudovat z brněnské konzervatoře hudební učiliště vysoké umělecké úrovně. V souvislosti s působením na konzervatoři byl nucen výrazně omezit svoje skladatelské i hudebně publicistické aktivity. V meziválečném období vykonával rovněž funkci odborného inspektora hudební a dramatické školy pro Slovensko v Bratislavě (1926), byl organizátorem hudebního oddělení Výstavy soudobé kultury v Brně (1928), zkušebním komisařem a místoředitelem pro učitelství hudby a zpěvu na učitelských ústavech a středních školách (1939–42), působil jako člen komisí, porot, delegací aj. Byl jedním ze zakladatelů Klubu moravských skladatelů, v letech 1936–37 jeho místopředsedou, 1938–44 předsedou a od roku 1943 čestným členem. Roku 1921 byl jmenován dopisujícím, 23. 5. 1923 řádným členem České akademie věd a umění, roku 1941 se stal čestným členem Filharmonického spolku Beseda brněnská.
Po roce 1945 pokračoval Kunc ve svém působení na brněnské konzervatoři, 1. 9. 1945 odešel do výslužby. Od 1. 10. 1947 byl jmenován děkanem Hudební fakulty a pověřeným profesorem skladby na Janáčkově akademii múzických umění, kde mu však bylo umožněno setrvat pouze do státního převratu 28. února 1948. Následně nalezl působiště na Pedagogické fakultě Masarykovy univerzity (do roku 1952), kde mj. učil skladatele Zdeňka Zouhara a Antonína Tučapského. Za svou činnost byl Kunc roku 1958 odměněn Cenou osvobození města Brna.